Kolegij
Osnovni cilj ovog kolegija jest upoznati studente s a) temeljnim pojmovima i konceptima u genetičkom inženjerstvu, b) modernim tehnikama genetičkog inženjerstva i c) njihovoj primjeni u modernoj medicini. Drugi cilj ovog kolegija jest da se kroz predavanja, a posebice praktični rad u laboratoriju, studentima prenesu nužna znanja koja će ubrzati i olakšati njihovo uključivanje u rad brojnih znanstveno-istraživačkih laboratorija u kojima se rutinski i svakodnevno koriste tehnike genetičkog inženjerstva. Treći cilj ovog kolegija jest omogućiti studentima da na temelju stečenih znanja samostalno formiraju informirano mišljenje o tehnologiji rekombinantne DNA. Po završetku kolegija, studenti će razumjeti osnovne principe genetičkog inženjerstva, savladati raznovrsnu metodologiju u genetičkom inženjerstvu i moći samostalno dizajnirati i konstruirati željeni rekombinantni plazmid.
Očekivani ishodi učenja uključuju poznavanje vektora koji se koriste u genetičkom inženjerstvu, uobičajenih metoda za analizu nukleinskih kiselina, poput lančane reakcije polimerazom (PCR) hibridizacijskih tehnika (Southern, norhtern slot/dot blots i FISH), metoda za sekvenciranje DNA/RNA, genetičko profiliranje i ciljane modifikacije genome pomoću tehnologije CRIPSR/Cas9. Po uspješnom svladavanju gradiva studenti će razumjeti osnovne principe genetičkog inženjerstva, raznovrsnu metodologiju u genetičkom inženjerstvu, primjenu genetičkog inženjerstva u medicini i moći samostalno isplanirati, dizajnirati i konstruirati željeni rekombinantni plazmid.
1) Zabilješke s predavanja i vježbi
2) Odabrana poglavlja iz a) Molecular Biology of the Cell – 6th edition (2015)
Autori: Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, David Morgan,
Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter
b) Gene cloning & DNA analysis – 7th edition (2016)
Autor: T. A: Brown
c) Molecular Cloning: A laboratory manual – 4th edition (2012)
Autori: Michael R. Green and Joseph Sambrook
1) Molecular Clonong – Technical Guide, New England Biolabs, slobodno dostupno na
https://www.neb.com/~/media/NebUs/Files/Brochures/Cloning_Tech_Guide.pdf
Pohađanje nastave i aktivno sudjelovanje u predavanjima i vježbama.
Ocjenjivanje studenata provodi se prema važećem Pravilniku o studijima Sveučilišta u Rijeci, te prema Pravilniku o ocjenjivanju studenata na Medicinskom fakultetu u Rijeci (usvojenom na Fakultetskom vijeću Medicinskog fakulteta u Rijeci). Ocjenjivanje studenata vrši se primjenom ECTS (A-E) i brojčanog sustava (1-5). Ocjenjivanje u ECTS sustavu izvodi se apsolutnom raspodjelom, te prema dodiplomskim kriterijima ocjenjivanja. Studenti tijekom nastave mogu prikupiti 70%, a na završnom ispitu 30% od konačne ocjene.
Ispitna razdoblja i prijava ispita
Prvi ispitni termin za završni test biti će odmah po završetku nastave.
Ispiti se prijavljuju u ISVU sustavu.
Ostali ispitni termini će biti navedeni u na mrežnim stranicama Centra.
Ishodi učenja
OČEKIVANI ISHODI UČENJA:
Nakon odslušanog i savladanog prvog predavanja, studenti bi trebali moći:
Razumjeti definiciju genetičkog inženjerstva i znati nabrojati nekoliko primjera upotrebe genetičkog inženjerstva u svakodnevnici
Razumjeti i opisati osnovne elemente strukture DNA, replikacije, transkripcije i translacije
Riješiti osnovne problemske zadatke u vezi strukture DNA/RNA i procesa replikacije, transkripcije i translacije
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog drugog predavanja, studenti bi trebali moći:
Objasniti pojmove endonukleaza, egzonukleaza, ligaza, polimeraza, konaza, fosfataza, rekombinaza, restrikcijski enzim, reverzna transkriptaza, ljepljivi krajevi, tupi krajevi, palindromske sekvencije
Opisati osnovne aktivnosti enzima za manipulaciju DNA
Opisati i objasniti princip gel elektroforeze molekula DNA
Riješiti osnovne probleme vezane uz aktivnosti enzima za manipulaciju DNA prema različitim nukleinskim kiselinama kao njihovim supstratima
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog četvrtog predavanja, studenti bi trebali moći:
Razumjeti i objasniti osnovne tipove i svojstva uobičajenih vektora za kloniranje u E. coli
Razumjeti i objasniti razlike i sličnosti između genomskih i cDNA knjižnica
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog četvrtog predavanja, studenti bi trebali moći:
Razumjeti i objasniti osnovne principe lančane reakcije polimerazom, dizajna početnica i odabira programa za PCR
Razumjeti i objasniti poteškoće kod amplifikacije ciljnih regija Taq polimerazom
Opisati i objasniti princip gel elektroforeze produkata PCR reakcije
Imenovati neke od izvedbi standardne PR reakcije
Riješiti osnovne probleme vezane uz PCR i DNA elektroforezu produkata PCR reakcije
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog petog predavanja, studenti bi trebali moći:
Razumjeti i objasniti proces denaturacije/renaturacije DNA i osnovne principe hibridizacijskih tehnika za analizu nukleinskih kiselina i njihovu primjenu
Riješiti osnovne probleme vezane uz hibridizacijskih tehnika za analizu nukleinskih kiselina
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog šestog predavanja, studenti bi trebali moći:
Razumjeti i opisati sekvenciranje DNA Sangerovom metodom i metodom SBS (Illumina)
Odrediti redoslijed nukleotida u nepoznatoj molekuli DNA na temelju rezultata sekvenciranja DNA Sangerovom metodom i metodom SBS (Illumina)
Ishodi učenja
Nakon odslušanog i savladanog sedmog predavanja, studenti bi trebali moći:
Ukratko navesti i opisati nekoliko primjera uporabe genetičkog inženjerstva u medicini
Razumjeti i objasniti osnovne principe genetičkog profiliranja i krojenja genoma tehnologijom CRIPSR/Cas9
Provesti osnovnu interpretaciju DNA profila dobivenih genetičkim profiliranjem
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane prve laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći:
Samostalno, točno i reproducibilno pipetirati potrebne volumene otopina koristeći mikropipete
Razumjeti glavni cilj laboratorijskih vježbi
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane druge laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Izolirati plazmidnu DNA iz E. coli
Postaviti PCR i reakciju cijepanja DNA restrikcijskim enzimima
Pripremiti uzorke DNA za gel elektroforezu u agaroznom gelu
Nanijeti uzorke DNA u jažice agaroznog gela
Provesti elektroforezu DNA u agaroznom gelu
Razumjeti potrebu za upotrebom etidij-bromida i drugih kemikalija za vizualizaciju DNA u agaroznom gelu
Interpretirati rezultate PCR-a i reakcije cijepanja DNA restrikcijskim enzimima na temelju opaženog položaja vrpci DNA na agaroznom gelu
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane treće laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Pročistiti bilo koji fragment DNA iz agaroznog gela nakon provedene elektroforeze DNA
Procijeniti integritet, čistoću i količinu izoliranih i pročišćenih fragmenata DNA
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane četvrte laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Provesti reakciju ligacije molekula DNA
Provesti postupak transformacije kompetentnih stanica E. coli stranom DNA
Ravnomjerno nacijepiti bakterijske stanice iz suspenzije na krute hranjive podloge
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane pete laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Isplanirati i provesti gel-elektroforezu plazmidne DNA izolirane iz dobivenih transformanata
Identificirati potencijalne pozitivne klonove prikladne za daljnju analizu izolirane plazmidne DNA
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane šeste laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Isplanirati i provesti restrikcijsku analizu izolirane plazmidne DNA s ciljem identifikacije klonova koji sadržavaju insert ugrađen u vektor u pravilnoj orijentaciji
Ishodi učenja
Nakon odslušane i savladane šeste laboratorijske vježbe, studenti bi trebali moći samostalno:
Isplanirati i provesti konstrukciju rekombinantnog plazmida
| Akademska godina | |
|---|---|
| 2022/2023 | Download |