Okvirni sadržaj:
P1 (2 sata) Predavanje: Osnovne karakteristike antitijela i dizajn eksperimenata s višestrukim bojenjem - U kratkom uvodu, ponovit će se znanje o strukturi antitijela. Obuhvatit će se tehnike označavanja antitijela fluoroforima, biotinom i enzimima. Zatim će se kroz nekoliko primjera detaljno prikazati što treba uzeti u obzir prilikom provođenja eksperimenta koji uključuje višestruko bojenje.
P2 (1 sat) Predavanje: Bioinformatički alati za analizu strukture proteina i antitijela - 3D prikaz kompleksa, proteina i antitijela
P3 (2 sata) Predavanje: ELISA principi za mjerenje proteina u istraživačkim i dijagnostičkim laboratorijima - Na temelju usvojenih načela direktnih i indirektnih metoda ELISA, bit će predstavljen napredni dizajn laboratorijskog eksperimenta za određivanje proteinskih analita (npr. tumorskih markera ili proteina upalnih markera iz krvi). Bit će raspravljeno i nekoliko složenijih oblika metode, poput kompetitivne ELISA. Također će biti predstavljeni odobreni dijagnostički kitovi, poput testa za imunoglobulin IgG radi određivanja titra antitijela na SARS-CoV-2 ili preosjetljivost na hranu.
P4 (2 sata) Predavanje: Upotreba Western blottinga i naprednih metoda imunoprecipitacije u istraživanju i dijagnostici - Bit će predstavljene metode u kojima je visoka osjetljivost Western blotting metode i njezina sposobnost otkrivanja proteina različitih veličina pronašla primjenu u medicinskoj dijagnostici. Primjeri su borelioza, Creutzfeldt-Jakobova bolest i određene vrste virusnih infekcija. Također će biti obuhvaćeni napredni materijali poput magnetskih kuglica, posebnih značajki imunoprecipitacije iz uzoraka krvi kao kompleksne mješavine bogate proteinima, albuminom i samim antitijelima, itd.
P5 (1 sat) Predavanje: Osnove analize rezultata citometrije protoka - protočna citometrija je osnovna metoda imunološke analize proteina na stanicama, posebno u slučaju analize proteina na površini stanica. Kratko će se uz primjere pojasniti histogram i točkasta (dot-plot) prezentacija rezultata kao osnova za razumijevanje literature u eksperimentalnoj medicini.
L6 (2 sata) Predavanje: Imunofluorescencija s analizom konfokalnog mikroskopa - metoda imunofluorescentne mikroskopije važna je za analizu proteina u stanicama i tkivima. Slijedeći principe imunofluorescencije i njezine primjene u konfokalnim mikroskopskim metodama, okosnicu predavanja čini dizajn naprednih eksperimenata i priprema za izvođenje jednostavnih eksperimenata s višestrukim bojenjem (V2 i V3) pripravaka staničnih kultura pomoću fluorescentno označenih antitijela i analiza konfokalnim mikroskopom. Također će se kratko objasniti principi naprednih metoda poput FRET (fluorescentna rezonancijska energijska transferna) metoda za određivanje interakcije proteina i metoda mikroskopije s dvofotonskim pobuđenjem za analizu debljih uzoraka poput organotipskih modela.
V1 (1 sat) Eksperimentalni rad: Dizajn eksperimenta s višestrukim imunobojenjem. Studenti će rješavati individualne zadatke sa ciljem pronalaska odgovarajućih antitijela putem izvora s interneta koja će im omogućiti imunofluorescentno bojenje prethodno dodijeljenih proteina u uzorku.
V2 (5 sati) Eksperimentalni rad: Priprema uzoraka za imunofluorescentnu mikroskopiju - bojenje (do 4 boje) na uzorcima staničnih kultura
V3 (3 sata) Eksperimentalni rad: Analiza uzoraka na konfokalnom mikroskopu
Seminari (6 sati): Planirane su kratke prezentacije studenata uz raspravu
Cilj predmeta je pomoći studentima da prodube netom stečena i usvoje napredna znanja o imunoanalizi proteina, tj. o metodama analize proteina koje se temelje na upotrebi protutijela. Ova vrsta analiza osnova je mnogih istraživačkih i dijagnostičkih postupaka te će njihovo razumijevanje studenti moći iskoristiti u primjerice kliničkoj imunologiji, infektologiji, mikrobiologiji, onkologiji, patologiji i molekularnoj dijagnostici. Očekuje se osnovno predznanje iz biologije proteina i imunoloških laboratorijskih metoda te izražen interes za znanja iz područja molekularne dijagnostike i molekularnih mehanizama u zdravlju i bolesti.